Учреждение образованно 10 января 1944 года после освобождения Краснодара от немецких захватчиков на земельном участке площадью 3,8 га как Краснодарская краевая станция юных натуралистов. Тогда она представляла собой неогороженный участок земли без построек, засоренный корневищным сорняком. Штат сотрудников станции составляли лишь заведующий станцией, методист и 2 педагога, которые обучали всего 60 ребят в трёх кружках. Постепенно участников станции становилось больше. И в 1953 году опытную работу вели уже 500 учащихся в 19 кружках под руководством пяти педагогов. В 1962 году на территории краевой станции был создан зоологический отдел, сотрудники которого организовали юннатский зоопарк.
Учреждение всегда являлось координационным центром юннатской работы в Краснодарском крае. В разные годы приоритеты в юннатской, а затем в эколого-биологической работе со школьниками были разными: в 50-70-е популярны выставки достижений юннатов в садоводстве, овощеводстве, виноградарстве, цветоводстве и субтропических культур. В 1967 году стартовала краевая биологическая олимпиада, включающая в себя районные, школьные, городские и краевые туры. В 70-80-е создаётся эстафета «Трудовые дела школьников Кубани», опытническая работа на полях ученических бригад и школьных лесничеств. В 90-е на российском уровне заявлена приоритетная роль экологического образования. Появляются новые формы работы, новые конкурсы. В 1991 году краевой эколого-биологический центр стал правопреемником краевой станции юных натуралистов.
В настоящее время, Эколого-биологический Центр — это образовательная организация, на базе которой реализуются дополнительные общеобразовательные общеразвивающие программы естественнонаучной направленности, а также организуется участие всех желающих в экологических мероприятиях муниципального, регионального, российского уровня. В детских объединениях занимается более 1,9 тысячи ребят в возрасте от 5 до 18 лет.
Учреждение является Краевым ресурсным методическим центром дополнительного образования детей по естественнонаучной направленности.
Для учебных целей на территории разбиты учебно-опытные участки, заложены плодово-ягодный сад и дендрарий, функционирует юннатский зоопарк.
В дендрарии произрастает более 300 видов растений, из них 15 занесены в Красную книгу. Количество деревьев и кустарников, растущих на территории дендрария, составляет более 700. В учебно-опытной теплице тропических растений (166 кв. м) сотрудниками собрана большая коллекция теплолюбивых культур – гранат, олеандр, агава, фейхоа, каллистемон (красивотычиночник), нандина, лимон, мандарин, финиковая пальма, веерная пальма (трахикарпус), банан, киви и др.
Более пятидесяти лет на территории учреждения работает юннатский зоопарк, в котором содержится более 300 животных 58 видов — представителей 5 континентов земного шара, в том числе занесенных в «Красную книгу». В зоопарке обитают 10 видов грызунов, 37 видов птиц, 2 вида земноводных, 8 видов хищников, и 1 вид непарнокопытных (ослица) и др.
С 2016 года территория ГБУ ДО КК ЭБЦ включена в состав особо охраняемой природной территории памятника природы регионального значения «Чистяковская роща». В 2019 году на территории дендрария совместно с ГКУ КК «Управление ООПТ Краснодарского края» обустроена экологическая тропа «Уголок живой природы» 300 метров. Тропа оборудована 8 информационными стендами, среднее время пребывания на маршруте составляет 40-60 минут.
В 2019 году Центр начал реализацию проекта «Детский образовательный Агропарк», который способствует повышению мотивации детей, раскрытию и развитию их способностей, их ранней профориентации и направлен на расширение спектра дополнительных общеразвивающих программ естественнонаучной направленности, реализуемых круглогодично, включая, каникулярные периоды. Вовлечение обучающихся в исследовательскую деятельность, а также их ранняя профориентация на профессии аграрного сектора экономики, позволяет осуществить их подготовку к поступлению в организации среднего и высшего образования в части формирования навыков, необходимых для дальнейшего обучения.
Учебные классы в Центре оснащены высокотехнологичным оборудованием для обучения современным методам и формам растениеводства и животноводства, а также проведения исследований в области ботаники, почвоведения, зоологии, физики и др. Для реализации общеобразовательных общеразвивающих программ дополнительного образования детей естественнонаучной направленности созданы оборудованные беседки – «Зелёные классы», в которых дети имеют возможность заниматься исследовательской деятельностью на природе. Для проведения занятий по астрономии функционирует планетарий на 30 посадочных мест. Также на территории Центра установлена учебно-опытная теплица, оснащенная системой гидропоники (140 кв. м), в которой во время занятий обучающиеся сами сажают семена, наблюдают за ростом растений и собирают урожай. Новая современная теплица на гидропонной системе позволяет детям научиться выращивать растения без использования почв, что в современном мире очень удобно в городских условиях. В теплице представлен один из наиболее распространенных видов гидропонной системы – капельное орошение, где растения выращиваются в специальных субстратах и получают питательные вещества с помощью подведенных к ним капельниц. В Эколого-биологическом Центре созданы все условия для работы с обучающимися проявляющими интерес к изучению естественных наук.